Olá,

Podemos fazer backup das maquinas virtuais utilizando habilitando VSS usando o Windows server Backup, para isso temos que adicionar a seguinte chave no registro:
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\WindowsServerBackup\Application Support\{66841CD4-6DED-4F4B-8F17-FD23F8DDC3DE}
Após criar a chave vamos adicionar um String:
Nome: Application Identifier
Tipo: REG_SZ
valor: Hyper-V

Windows Server Backup suporta apenas backup de volumes, quando executar o backup das maquinas virtuais você precisa selecionar todos os volumes onde estão as maquinas virtuais.
Por exemplo, se você usa o local padrão para armazenar as configurações das maquinas virtuais (C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Hyper-V\Virtual Machines) e armazena os VHD´s em outro volume, você precisa selecionar os 2 volumes para backup.

Quando for executar um Restore, selecione “Application Restore” e escolha Hyper-V. Você precisa selecionar esse método, caso contrário, você não conseguirá substituir os arquivos para as maquinas virtuais em execução. Como parte do restore, as maquinas virtuais existentes precisão ser desligadas e apagadas. As maquinas virtuais que você restaurar serão registradas no Hyper-V.

Existem algumas limitações:
1.- Maquinas virtuais que possuem discos dinâmicos não serão “backupeadas” usando o VSS. Apenas backup offline é suportado. Outra alternativa será utilizar o software de backup de dentro da própria maquina virtual como se fosse uma maquina física.
2.- Maquinas Virtuais Windows 2000, Windows XP ou que não possuem o Integration Services instalado, entrarão em Saved State enquanto o snapshot é tirado e voltarão a operar assim que o snapshot for completado. Você terá o mesmo incoveniente caso a opção de “Backup (volume snapshot)” esteja desabilitada das configurações da maquina virtual (Maquina Virtual >> Settings >> Management >> Integration Services)
3.- Quando executar um restore, todos os volumes serão restaurados, restaurar individualmente a maquina virtual não é suportado com o Windows server Backup.
4.- Se a maquina virtual possuir 2 ou mais snapshots, o restore irá falhar. Para resolver isso:
A. Se a maquina virtual estiver rodando, pare e apague a maquina virtual
B. Selecione a opção “Files and Folders” para recuperar o diretório de snapshot.
c. Selecione o diretório individual do snapshot
D. Quando completar, inicialize o a recuperação “Application” para recuperar o volume.

se tudo der certo você terá a maquina virtual de volta e operacional.